为了保护EDI组件，使之有较长的使用寿命，一些系统保护是必要的。关键的保护是当没有水流量时，要断电停机，否则，会对EDI组件造成致命的破坏。以下是EDI正常运行的必要条件：极水流量超过小值。浓水的流量超过小值 。预处理正常。反渗透运行正常。反渗透纯水的电导率低于允许值。温度在限制范围之内。
反渗透系统在停止运行后，一般都要自动冲洗一段时间，然后根据停运时间的长短，决定是否需要采取停用保护措施或者采取什么样的停用保护措施。在反渗透系统再次开机时，对于已经采取添加停用保护药剂的系统，应该将这些保护药剂排放出来，然后再通过不带压冲洗把这些保护药剂冲洗干净，后再启动系统。
硬度较高的原水，超纯水机一般配备软水机，高端的软水机都是微电脑自动控制，全自动盐洗再生，保证随时出合格的软化水，达到进入超纯水机的要求。如果想得到合格的软水，全面改善进水要求，可以考虑安装全自动软水机。
浦膜PMC系列实验室长期运行，会出现膜污堵的现象，这些是由悬浮物和胶体所引起的。树脂间隙的堵塞导致EDI组件的压力照成损失增加。有机物会导致树脂和膜的表面被污染，被污染的膜和树脂迁移离子的效率降低，使得产水水质下降，膜堆电阻将增加。
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