为防止在反渗透和EDI结垢，需要从给水中除去硬度(Ca2+、Mg2+)。软化可以提高反渗透系统水利用率和提高给水pH值。并因此使反渗透和EDI有效地除掉碳酸盐和硅。软化还可以去除铁和其它过渡金属，保护反渗透膜和EDI组件。软化不是必须要有的设施，可以用阻垢剂解决硬度在反渗透膜上结垢的问题。
浦膜PMC系列实验室长期运行，会出现膜污堵的现象，这些是由悬浮物和胶体所引起的。树脂间隙的堵塞导致EDI组件的压力照成损失增加。有机物会导致树脂和膜的表面被污染，被污染的膜和树脂迁移离子的效率降低，使得产水水质下降，膜堆电阻将增加。
为了保护EDI组件，使之有较长的使用寿命，一些系统保护是必要的。关键的保护是当没有水流量时，要断电停机，否则，会对EDI组件造成致命的破坏。以下是EDI正常运行的必要条件：极水流量超过小值。浓水的流量超过小值 。预处理正常。反渗透运行正常。反渗透纯水的电导率低于允许值。温度在限制范围之内。
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